estudios de ética, dialéctica, retórica, griego, el hebreo, la astronomía y la física, y luego más tarde la teología y las ciencias humanas. En 1591 obtiene una maestría en la misma universidad. Su profesor de matemáticas, el astrónomo Michael Maestlin, le enseñó el sistema heliocéntrico de Copérnico que se reservaba a los mejores estudiantes. En 1594 aceptó un puesto como profesor de matemáticas en la escuela protestante de Graz, por lo que abandonó sus estudios en teología.
Siendo un firme partidario del modelo copernicano, intentó demostrar que las distancias de los planetas al Sol venían dadas por esferas en el interior de poliedros perfectos, anidadas sucesivamente unas en el interior de otras. En la esfera interior estaba Mercurio mientras que los otros cinco planetas (Venus, Tierra, Marte, Júpiter y Saturno) estarían situados en el interior de los cinco sólidos platónicos correspondientes también a los cinco elementos clásicos. En 1596 Kepler escribió un libro en el que exponía sus ideas Misterium Cosmographicum (El misterio cósmico).
En el año 1600, fue obligado a abandonar Austria. En octubre de ese mismo año se trasladó a Praga, donde fue invitado por Tycho Brahe, quien había leído algunos trabajos de Kepler y quien había montado el mejor centro de observación astronómica de esa época. Tycho Brahe disponía de los que entonces eran los mejores datos de observaciones planetarias pero la relación entre ambos fue compleja y marcada por la desconfianza. No será hasta 1602, a la muerte de Tycho, cuando Kepler consiga el acceso a todos los datos recopilados por Tycho, mucho más precisos que los manejados por Copérnico. A la vista de los datos (principalmente los relativos al movimiento retrógrado de Marte) se dio cuenta de que el movimiento de los planetas no podía ser explicado por su modelo de poliedros perfectos y armonía de esferas. Kepler, hombre profundamente religioso, incapaz de aceptar que Dios no hubiera dispuesto que los planetas describieran figuras geométricas simples, se dedicó con mucha insistencia a probar con toda clase de combinaciones de círculos, pero sus intentos fueron en vano, por lo que luego intentó con óvalos, teniendo igual resultado. Sin mucho ánimo hizo un intento con elipses, teniendo resultados positivos y desarrollando sus tres leyes que describen el movimiento de los planetas y que fueron publicadas en 1609 en su obra Astronomia Nova (Nueva Astronomía).
En 1627 publicó las Tabulae Rudolphine (Tabla Rudolfina), las cuales fueron usadas en todo el mundo durante más de un siglo para calcular las posiciones de los planetas y las estrellas.
En 1630, víctima de la fiebre, Kepler muere en Ratisbona, en Baviera, Alemania, a la edad de 59 años.
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